L’intolérance au gluten est actuellement assimilée et confondue, pour la communauté scientifique, avec la maladie cœliaque (MC) parfois appelée cœliaquie ou  sprue. C’est une maladie auto-immune, à prédisposition génétique avec une fréquence majorée de porteurs HLA-DQ2 et HLA DQ8 . Elle est caractérisée par une atrophie de tout ou partie des villosités de l'intestin grêle.

Le gluten est un ensemble de protéines d’origine végétale retrouvées dans l’endosperme de certaines céréales. Il constitue avec l’amidon, la réserve énergétique de la graine. Il existe principalement deux types de protéines, les gluténines et les prolamines:la gliadine pour le blé, la sécaline pour le seigle, l’hordénine pour l’orge, l’avénine pour l’avoine. Le froment, l'épeautre (petit et grand) et le kamut sont aussi des céréales contenant du gluten. Les prolamines notamment la gliadine du blé sont fortement impliquées dans la MC. La prévalence selon les études les plus récentes montre que cette affection touche en Europe un patient sur 300, voire un patient sur 100. Cette maladie est due à une intolérance totale au gluten. Il en résulte une malabsorption intestinale, des diarrhées chroniques, des carences alimentaires, des déficits en fer, en calcium, en vitamines du groupe B qui conduisent à des troubles de la croissance notamment chez l’enfant. La maladie cœliaque se diagnostique à partir des éléments sérologiques avec la recherche d’anticorps spécifiques notamment les AC IgA anti-transglutaminase  et sur les données histologiques obtenues à la biopsie de l'intestin grêle.Le seul traitement connu à ce jour de la MC reste de suivre un régime strict à vie excluant toute source de gluten dans l’alimentation (excipients de médicaments compris). 

Sans gluten (JT de FR2 22/02/2015)
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Le gluten, une protéine présente dans de nombreux aliments, est devenu subitement indésirable. Grandes surfaces, boulangeries, restaurants, le "sans gluten" est désormais affiché partout.
Le gluten est une protéine contenue dans les farines de blé, d'orge, de seigle et d'avoine. Alors que seul 1% de la population y est allergique, certains, par choix, ont banni le gluten de leur alimentation. "J'ai le soupçon que je suis peut-être intolérante au gluten. Depuis que je mange sans gluten, certains troubles de santé n'existent plus", explique, au micro de France 2, une cliente d'une boulangerie spécialisée dans le sans gluten.

Pour les non-allergiques, il est impossible de savoir si le régime sans gluten est bon pour la santé. Le business, lui, rapporte gros. Les grandes marques l'ont bien compris. Par exemple, Barilla, le géant italien a lancé une gamme de pâtes sans gluten. En un an, le chiffre d'affaires des produits sans gluten est passé de 35 millions à 78 millions d'euros. Des produits qui se vendent bien, malgré des prix jusqu'à cinq fois supérieurs à ceux des produits classiques.